在1997年7月1日香港特區成立後，香港立法會其中一個首要工作，是通過《中醫藥條例》正式確認中醫的地位，從而管制中藥處方的調配、製造和銷售。
這個決定給予了中醫師在香港合法執業的資格，根據該條例，香港中醫藥管理局在1999年9月成立，並奠定了類似於西醫的法定地位。香港浸會大學也在1998年開辦中醫學學士課程，並安排學生定期到內地中醫教學醫院實習，隨後必須通過香港中醫藥管理局的中醫師資格考試，才可以成為註冊中醫師。
中藥師定位有待明確
雖然香港浸會大學中醫藥學院自2001年也開辦了一個中藥藥劑學位課程，並在 2013年改為四年制課程，但截至目前為止，特區政府仍然沒有成立中藥藥劑業及毒藥管理局管理中藥藥劑師、中藥房、中藥店和中藥生產、銷售、批發與教育等一系列系統性規範。2002年11月公布了首批2,384名表列中醫名單，中醫人數在2018年時已增加至7,444名，佔所有醫生人數的34%。
但是，醫院管理局作為全港最大的醫生僱主，其時卻只招聘西醫而沒有提供中醫藥服務（除了廣華醫院在1872年開展的中醫藥門診），使許多中醫師面臨畢業即失業的窘境。
中藥藥劑業必須符合有效、高品質、可安全地流通和使用的規定，才能確保病者安全服用。否則，病患者是否有信心服食中成藥，將構成很大的疑問。（現有法律容許中成藥於1999年3月1日時在香港市場上已銷售和不含西藥和重金屬成分的便可以臨時登記證形式繼續售賣。該日期之後製造的新配方中成藥品才需要按GMP規範生產和進行藥品註冊。）
一位註冊中醫師有以下的評論：
「近年來中醫愈來愈普及，特別是年輕一代的病人都會選擇比西醫相對更天然的治療方法。另外，那些在接受西醫治療後看不到明顯臨床症狀改善的病人也經常轉為向中醫諮詢和接受治療，例如皮膚病、內分泌或婦科疾病患者。香港中醫藥的未來發展會更好，因為1997年後有大學提供中醫藥教育，安排在內地臨床培訓。如果特區政府能夠決定建立中醫醫院，患者將會受益更多。」
規劃中醫教研中心
回歸後20年，中醫藥在香港最終得到了政府的關注，第四屆特區政府行政長官林鄭月娥於2018年的《施政報告》中決定：確立中醫藥在本港醫療服務的定位，在規劃中的中醫醫院及18間中醫教研中心提供政府資助門診和住院服務，另設立5億元專項基金以促進中醫藥應用研究和專科發展。3
轉載聲明
原文載於《香港西藥業史》，出版：三聯書店（香港）有限公司，作者趙粵授權刊登。
