1997年，醫管局屬下的公立或政府全額資助的教會和地區醫院與衛生署屬下的100家公立診所是分開管理的。2003年7月醫管局接收了衛生署的59間門診診所，並增聘了45名藥劑師提供藥物附件服務，減低以往衛生署診所錯配藥物的風險。
回歸後20年，多家地區醫院相繼落成，此中包括在1998年落成的大埔醫院（600張病床）及1999年落成的將軍澳醫院（360張病床）。同時也有一家位於港島中環、經營了46年的私營婦科醫院 —— 港中醫院 —— 因為教會業主有其他專案規劃而收回土地業權，被迫在2012年底時歇業。
1998-2019落成與關閉的主要醫院
1998-2008年
- 北區醫院（1998年落成）
- 將軍澳醫院（1999年落成）
2009-2018年
- 港中醫院（2012年關閉／私營醫院）
- 港怡醫院（2017年落成／私營醫院）
- 天水圍醫院（2017年落成）
- 香港兒童醫院（2018年落成）
2019-2027年
- 香港中文大學醫院（2021年落成）
香港兒童醫院
香港兒童醫院的概念早在1978年時提出，時任醫務衛生署署長唐家良在諮詢了專家的意見後，決定投放資源在各地區醫院上。時隔40年後的2018年12月28日，香港兒童醫院最終落成於九龍原啟德機場舊址。該醫院的內部設計以兒童為導向，繳費及登記處、等候大廳、門診藥房及取藥處等都與其他醫院不一樣，令人有耳目一新的感覺。
於啟用後首階段，將提供4個醫療專科服務，包括癌症、腎科、心臟科（包括心臟內科以及心臟外科）及外科，專門負責接收來由各區醫院聯網所轉介的最嚴重及最複雜的兒童病症（即第三層醫療服務）。香港兒童醫院已有兒科藥劑學認證的藥劑師提供專業藥物諮詢予病童，尤其是長期病患的家長，成為亞洲兒童醫院的模範。
旅遊醫學的新方向
自2013年開始，香港政府不再給予內地孕婦在香港誕生的嬰兒特區的公民權，導致香港的私營醫院與教會醫院的病床佔有率暴跌，取而代之的是旅遊醫學的興起 —— 香港的專科醫生與私營醫院的內地病患人數不斷增加，足以反映這現象。香港的私營醫院有12家，住院病患人數佔所有醫院病患人數約20%。
在2015年開業的香港綜合腫瘤中心，為癌症患者提供一站式診斷及治療的日間服務。中心醫務總監潘冬平教授解釋：「不少內地人喜歡到香港求醫，香港綜合腫瘤中心表示，去年到中心求診的癌症新症有2,000多人，按年上升四成，當中有大約一半人是來自內地。該中心預計，隨著《粵港澳大灣區發展規劃綱要》出爐、高鐵及港珠澳大橋通車，將有更多內地癌症患者來港求診，中心已在一年多前推行中港跨專科會診模式，未來亦會繼續加強與大灣區的醫療機構合作，並有計劃在大灣區開設綜合腫瘤中心。」
中心業務總監兼腫瘤科藥劑師郭靜芝指出：「本港的腫瘤科藥劑師數量不足20人，惟腫瘤科治療較為複雜，腫瘤科藥劑師更能就病人的情況作出幫助。」
香港綜合腫瘤中心行政總裁何翠芝指出，現時在患病人數上升及醫療技術逐步改善的同時，市場已開始需要提供治療癌症的一站式服務的日間中心。3
轉載聲明
原文載於《香港西藥業史》，出版：三聯書店（香港）有限公司，作者趙粵授權刊登。
