1997年，医管局属下的公立或政府全额资助的教会和地区医院与卫生署属下的100家公立诊所是分开管理的。2003年7月医管局接收了卫生署的59间门诊诊所，并增聘了45名药剂师提供药物附件服务，减低以往卫生署诊所错配药物的风险。
回归后20年，多家地区医院相继落成，此中包括在1998年落成的大埔医院（600张病床）及1999年落成的将军澳医院（360张病床）。同时也有一家位于港岛中环、经营了46年的私营妇科医院 —— 港中医院 —— 因为教会业主有其他专案规划而收回土地业权，被迫在2012年底时歇业。
1998-2019落成与关闭的主要医院
1998-2008年
- 北区医院（1998年落成）
- 将军澳医院（1999年落成）
2009-2018年
- 港中医院（2012年关闭／私营医院）
- 港怡医院（2017年落成／私营医院）
- 天水围医院（2017年落成）
- 香港儿童医院（2018年落成）
2019-2027年
- 香港中文大学医院（2021年落成）
香港儿童医院
香港儿童医院的概念早在1978年时提出，时任医务卫生署署长唐家良在咨询了专家的意见后，决定投放资源在各地区医院上。时隔40年后的2018年12月28日，香港儿童医院最终落成于九龙原启德机场旧址。该医院的内部设计以儿童为导向，缴费及登记处、等候大厅、门诊药房及取药处等都与其他医院不一样，令人有耳目一新的感觉。
于启用后首阶段，将提供4个医疗专科服务，包括癌症、肾科、心脏科（包括心脏内科以及心脏外科）及外科，专门负责接收来由各区医院联网所转介的最严重及最复杂的儿童病症（即第三层医疗服务）。香港儿童医院已有儿科药剂学认证的药剂师提供专业药物咨询予病童，尤其是长期病患的家长，成为亚洲儿童医院的模范。
旅游医学的新方向
自2013年开始，香港政府不再给予内地孕妇在香港诞生的婴儿特区的公民权，导致香港的私营医院与教会医院的病床占有率暴跌，取而代之的是旅游医学的兴起 —— 香港的专科医生与私营医院的内地病患人数不断增加，足以反映这现象。香港的私营医院有12家，住院病患人数占所有医院病患人数约20%。
在2015年开业的香港综合肿瘤中心，为癌症患者提供一站式诊断及治疗的日间服务。中心医务总监潘冬平教授解释：「不少内地人喜欢到香港求医，香港综合肿瘤中心表示，去年到中心求诊的癌症新症有2,000多人，按年上升四成，当中有大约一半人是来自内地。该中心预计，随着《粤港澳大湾区发展规划纲要》出炉、高铁及港珠澳大桥通车，将有更多内地癌症患者来港求诊，中心已在一年多前推行中港跨专科会诊模式，未来亦会继续加强与大湾区的医疗机构合作，并有计划在大湾区开设综合肿瘤中心。」
中心业务总监兼肿瘤科药剂师郭静芝指出：「本港的肿瘤科药剂师数量不足20人，惟肿瘤科治疗较为复杂，肿瘤科药剂师更能就病人的情况作出帮助。」
香港综合肿瘤中心行政总裁何翠芝指出，现时在患病人数上升及医疗技术逐步改善的同时，市场已开始需要提供治疗癌症的一站式服务的日间中心。3
转载声明
原文载于《香港西药业史》，出版：三联书店（香港）有限公司，作者赵粤授权刊登。
