如正確使用避孕藥，可靠性十分高，漏服或錯服是其中主要的失敗原因。但是，除了漏服外，也有其他因素導致避孕藥失效。
最常見是因為服食其他藥物而引致避孕藥失效，而這個問題卻經常被忽視。能夠干擾避孕藥功效的藥物可為兩大類：
第一類
能增加肝臟一種分解藥物的酵素，加速避孕藥分解，使避孕藥失效。這些藥物包括大部分抗痙藥：如Carbamazepine及Phenytoin，抗癬藥Griseofulvin，抗結核藥Rifampicin和Rifabutin及一些治療愛滋病的藥物如Ritonavir和Nelfinavir。如果只是短暫服用以上藥物，女性應在服藥期間至停藥後7天，加用其他非荷爾蒙式的避孕方式，如避孕套。抗結核藥Rifampicin及Rifabutin對肝酵素的影響較其他藥物長久，因此如服用此類藥物，女性應加用其他非荷爾蒙式的避孕方式至停藥後4星期。
如女性需要長期服用以上藥物而又希望繼續採用口服的避孕方法，便應選擇一些含高劑量雌激素的製劑。另一方法是不間斷的服用3個周期21粒裝標準製劑，然後停服4天。但如果服用的是抗結核藥，以上的避孕方法並不可靠，女性應採用其他非荷爾蒙式的避孕方式。如希望在停藥後採用口服避孕方法，便應同時加用其他非荷爾蒙式的避孕措施至停藥後8星期。
第二類
能夠干擾避孕藥功效的藥物便是抗生素，例如四環素（Tetracyclines）、阿莫西林（Amoxicillin）等。避孕丸中的雌激素能被腸內的益菌循環再用，令雌激素在身體維持一個穩定水平。但抗生素能殺死腸內的益菌，使雌激素從身體流失，影響效果。因此如用者需短暫服用抗生素，便應加用非荷爾蒙式的避孕方法至停藥後一星期。但是，如果抗生素療程是超過3星期，體內的益菌會對抗生素產生抗藥性，那時候便不需採用額外避孕措施。
阻礙維他命B6吸收
避孕藥亦會影響一些藥物如降血壓藥、降血糖藥及抗凝血藥的效用及阻礙身體對某些維他命如維他命B6和葉酸的吸收。對使用避孕藥如有任何疑問，便應諮詢醫生或藥劑師。
另一樣要注意的是，避孕藥能增加血塊在血管形成的機會，阻礙血管的流通，這風險會在手術後暫時增加（因手術後可能要長時間臥床而缺乏活動），因此，婦女應在進行大型手術前6星期（或遵照醫生指示），暫停服食避孕藥。
最後要提醒大家，如在服藥期間有任何原因不明的症狀，如突發性頭痛、手腳麻痺、心痛、呼吸困難、小腿肌肉疼痛、視覺聽覺受影響、乳房有腫瘤、皮膚和眼球變黃及同時出現發燒、疲倦、尿液變深色或大便變淺色等等，都應盡快求醫，因這些症狀可能與服食避孕丸有關。3
